Ein ehrenamtlich tätiger Stiftungsrat von sieben Personen leitet und verwaltet die Stiftung. Er ist zur Erhaltung und Nutzung des Klosters gemäss Stiftungsurkunde verpflichtet.
Zurzeit gehören dem Stiftungsrat an:
Präsidium, Stiftungsleitung
Christian Fritsche, Appenzell Steinegg
Vertretung Bistum St. Gallen, Spiritualität / Theologie / Gemeinschaft
Guido Scherrer, Domdekan, St. Gallen
Vertretung Kloster St. Ottilia Grimmenstein, Bau / Technik / Unterhalt
Martin Rusch, Gonten
Vertretung Freundeskreis Kloster Maria der Engel, Klosterprodukte
Antonia Köppel, Appenzell
Vertretung Standeskommission (Regierung) des Kantons Appenzell Innerrhoden, Finanzen / Rechnungswesen
Franz Rusch, Appenzell
Mittelbeschaffung / Fundraising
Roman Manser, Appenzell
Marketing / Kommunikation / Informationsverarbeitung
Clemens Fässler, Gonten